治疗儿童急性骨髓炎应该多学科合作，其可能涉及的学科包括儿科，骨科，感染科，感染科，急诊，放射科等，对儿童急性骨髓炎的早期诊断确立非常重要。一个病例对照研究发现，多学科合作有利于儿童急性骨髓炎的早期诊断，病原菌的确定和合理治疗措施的制定。
       儿童急性骨髓炎治疗的最根本目标是据病原菌对抗菌药物的敏感性选择合适的剂量和给药方式对细菌感染进行控制，以减少相关并发症。抗生素的选用应该依据细菌培养药敏结果进行选择；对不能获得细菌药敏结果的患者，则依据微生物实验室，感染科等相关人员的建议选择性使用抗生素。但是，为避免治疗延迟，在临床细菌培养结果出来前需要据经验选择抗生素，此时选择的抗生素应当覆盖最可能的病原菌，而可能病原菌的判断主要依据患者的感染症状严重程度，年龄，早期革兰染色的结果等。
      近期完成的一项系统分析发现，目前对儿童急性骨髓炎早期抗生素选择，最合适的抗生素静脉或口服使用时间，使用剂量等均没有一个明确规范。英国骨科协会和英国儿童骨科手术协会推荐对怀疑金葡菌感染的患儿，氟氯西林或头孢菌素作为一线治疗用药，而在美国和芬兰等国则推荐克林霉素作为一线用药。若患儿没有接种过流血嗜血杆菌疫苗，则在治疗时应考虑头孢菌素或青霉素G。
       有些学者推荐治疗儿童急性骨髓炎时应覆盖MRSA，特别细菌培养结果提示超过10%的金葡菌对甲氧西林耐药，或者是患儿有感染MRSA的危险因素如既往住院等。但该治疗策略并没有得到临床医生的广泛接受，因有些学者担心由此而诱发的广泛细菌耐药性。如新生儿，镰状细胞病，免疫缺陷儿童，这类患者易感染多种细菌，因此尽可能广的覆盖可能的病原菌对这些患儿的治疗非常重要。
       通常急性骨髓炎抗生素的治疗周期是4-6周。但是有较多小样本的研究认为静脉治疗的周期可以更短。患儿治疗由静脉过度到口服的过程取决于患者症状（发热和疼痛好转，功能恢复）和血液指标（CRP，ESR）的改善程度。
       仅有的一项随机研究表明，静脉注射抗生素4天后，口服20天和30天抗生素治疗临床效果相似。这一研究结果的到了近期发表的一项系统评价支持（推荐等级2B级）。而目前对新生儿的治疗尚没有足够的研究来改变标准的至少4周的抗生素疗程。
       英国骨科协会和英国儿童骨科手术协会目前并不推荐对急性血源性骨髓炎患儿进行常规手术探查。一项近期发表的系统评价认为合理的抗生素治疗策略可以很好的治疗急性骨髓炎，手术探查并不能获得更多的收益。只有当患者抗生素治疗失败，或者局部存在巨大脓肿时才需要手术治疗介入。骨髓炎部位是否需要局部引流取决于临床环境（如温度，疼痛，患肢使用减少，CRP水平升高等）和患者对抗生素治疗的反应。约20%的骨盆脓肿和6%的长骨骨髓炎患者需要脓肿引流。