慢性骨髓炎如不手术一般难以治愈。慢性骨髓炎的手术治疗包括:死骨切除术、感染和疤痕化的骨质及软组织切除术。手术的目的在于建立一个有活力的、血液循环良好的环境,以此来消灭感染。要达到这个目的可能需要彻底清创。清创不彻底可能是造成慢性骨髓炎复发率较高的原因之一。
       彻底清创经常会遗留一个大的死腔,需要进行处理,以防止感染复发和因大块骨缺失而造成不稳定。可能需要进行适当的骨和软组织缺损重建,并且,要明确感染的病原菌,给予适当的抗生素治疗。只有通过X线平片、窦道造影、CT和MRI检查仔细地辨认死骨和脓肿并且精心计划之后,才能着手进行重建手术。镓扫描和碘111标记白细胞扫描亦有很大的作用。在重建过程中,要与从事感染控制工作的医生合作。实施重建手术需要精于组织覆盖手术的医生的帮助,这类手术包括:皮肤移植、肌肉和肌皮瓣移植,有时还需要应用游离皮瓣移植技术。对于术后用多长时间的抗生素仍有争议。传统方法是慢性骨髓炎清创后经静脉给6周抗生素。Swiontkowski等报告只在术后1周内经静脉给抗生素,之后口服抗生素6周,成功率为91%。