何时手术介入，手术清创范围，手术介入是否必要等关键问题目前并没有得到明确的临床证据支持。对及时创治疗的患者中，有17%的患者术后出现了慢性骨髓炎。
       在抗生素应用于临床之前的一项观察性研究发现，骨髓炎患者早期清创，死亡率较高，但后期并发症较低；而骨髓炎清创延迟一周或以上，死亡率降低，但后期并发症升高。从目前证据来看，骨髓炎早期广泛清创害处大于益处，因此手术时单纯钻孔引流即可。
       一旦患者一般状况稳定，或者患者对药物治疗在数天内没有反应，则可以考虑手术行脓肿钻孔引流以加快疾病治愈。对MRSA病原菌感染引起的骨髓炎，推荐积极的手术清创，但是仍需要强调的是后期需要更多的证据支持上述推荐措施。亚急性或慢性骨髓炎所致的骨髓腔内脓肿通常推荐手术治疗。